防衛省が２０１２年に完成させた長崎県での公有水面埋め立て事業で、供用後の米軍活動を環境影響評価（アセスメント）項目に含めていたことが分かった。米軍那覇港湾施設（那覇軍港）の浦添移設事業では対象にしておらず、整合性が問われる。専門家から「対象にすべきだ」「違法だ」との指摘が上がっている。